根據(jù)瓦薩里的說法，列奧納多與魯斯蒂奇友誼的結(jié)晶正是群雕《圣約翰向利未人和法利賽人布道》，這組群雕位于大教堂對面洗禮堂的東門口上面。“他（魯斯蒂奇）創(chuàng)作這組群像時，除了列奧納多之外，他不允許任何人靠近他，也不讓人走到那雕刻的場地中。”這位左手揮動的人物一直被比作《博士來拜》中那位沉思冥想的老人。雖然是以魯斯蒂奇純熟的風(fēng)格創(chuàng)作的，圣約翰的一只手卻指向空中，這姿勢是一個標(biāo)志性的動作。

在訴訟案漫長的間歇期間，列奧納多在馬爾泰利府中開始整理自己的草稿，這記錄在了《阿倫德爾抄本》的第一張對折紙上：

1508年3月22日始于佛羅倫薩的彼得羅·迪·布拉喬·馬爾泰利府中。這本集子毫無秩序，由我抄寫的許多紙張組成。我日后打算根據(jù)這些紙張的主題，把它們放在適當(dāng)?shù)奈恢茫蛊渥兊镁袟l。

《阿倫德爾抄本》本身并不是“文集”，它現(xiàn)在（或許在16世紀(jì)90年代由蓬佩奧·萊奧尼裝訂成冊）依然極其混雜。只有前三十頁對折紙與最初的描述相吻合：紙張、墨跡、字體和主題——主要是物理學(xué)和力學(xué)——都是統(tǒng)一的，抄寫日期大概恰好就是1508年春天的這個時候。但即使在列奧納多剛開始動手時，對手稿進(jìn)行整理和分類的任務(wù)就突然顯得讓人畏縮不前了：

恐怕還沒來得及完成，我就會重復(fù)已經(jīng)重復(fù)了幾次的事情，讀者們，這不要怪我，因?yàn)槲募婕暗闹黝}太多，我無法完全記住。哎呀，我不寫是因?yàn)槲乙呀?jīng)寫過了。為了避免這一點(diǎn)，對于我想要抄寫的每一段文字，很有必要瀏覽一下我已經(jīng)做過的一切，以便不要再重復(fù)了。

文字笨拙是列奧納多給人們留下的印象。列奧納多已經(jīng)從新圣母瑪利亞醫(yī)院那里重新得到了這些資料，他1506年離開時曾把資料藏在那里。這些資料現(xiàn)在堆積馬爾泰利府中列奧納多的桌上。這些資料雖然珍貴，卻非常雜亂。另外一則記錄使我們注意到這些資料容易丟失，遭到毀壞：“明天查看所有的主題，把它們抄寫下來，然后劃掉那些原始材料，把它們留在佛羅倫薩。這樣要是你隨身攜帶的資料遺失了，這份成果也不會丟失。”

也正是在這時，列奧納多開始編輯那寫得密密麻麻的《萊斯特抄本》（這是以抄本18世紀(jì)的所有人萊斯特伯爵托馬斯·科克的名字命名的，抄本現(xiàn)在歸微軟公司的百萬富翁比爾·蓋茨所有）。《萊斯特抄本》是列奧納多所有筆記中標(biāo)準(zhǔn)最為統(tǒng)一的，雖然標(biāo)注的完成日期為1507－1510年，它卻給人一種前后連貫，甚至是愚頑不化的感覺。抄本的筆跡小而整齊，草圖都被擠到了書頁的邊緣地帶，這容易造成近視的印象卻掩飾了抄本五花八門的主題。《萊斯特抄本》與我們今天稱之為地球物理學(xué)的東西有關(guān)，因?yàn)樗芯苛耸澜缁镜淖匀唤Y(jié)構(gòu)，詳細(xì)分析了宏觀世界，拆除了陸生軀體的可移動部分。這就導(dǎo)向了純物理學(xué)的領(lǐng)域（引力、動力還有震動）和關(guān)于化石的激烈討論。列奧納多對月球的發(fā)光產(chǎn)生了疑問：這表示月球是由如同水晶或斑巖的反射材料組成的？還是月球表面覆蓋著波浪狀的水呢？如果月亮的盈虧是由地球的陰影引起的，那為什么在新月階段會隱約看到月球的其它部分呢？（在后一種情況中，列奧納多正確推斷出了這些次要的光線是從地球反射過來的，這比開普勒的老師邁克爾·馬斯特林的發(fā)現(xiàn)早了幾十年。）

在現(xiàn)代科學(xué)中，《萊斯特抄本》并不是一本開天辟地的著作。《萊斯特抄本》的宇宙哲學(xué)論主要是中世紀(jì)的學(xué)說，因?yàn)樗难芯渴菫榱撕暧^的和諧和潛在的幾何學(xué)上的對稱。《萊斯特抄本》中最著名的段落是關(guān)于地球和人體之間一成不變的詩性類比：

我們可以說地球是有生命的，它的肉體就是土壤，骨頭就是連續(xù)的巖層，軟骨就是石灰華，血液是河流的經(jīng)脈。位于心臟附近的血湖就是海洋。地球的呼吸就是脈沖血液的漲漲落落，即使如此在地球中還有海洋的退潮和泛濫。

從這些方面來看，《萊斯特抄本》更像是一本哲學(xué)著作，而不是科學(xué)書籍，但哲學(xué)總是處于不斷審視之下。在想象和實(shí)際之間總是存在著典型的列奧納多式的調(diào)節(jié)，這是兩者之間的一場對話。列奧納多苦苦思索著古人的宇宙理論，使它們經(jīng)受“經(jīng)驗(yàn)”的檢驗(yàn)。列奧納多研究植物葉子上露珠的表面張力，以便他可以了解關(guān)于“普遍水體”的更多知識。而在“普遍水體”中，根據(jù)亞里士多德的說法，宇宙是封閉起來的。列奧納多建造了一個四周帶有玻璃的儲水池，這樣他就可以觀察水流和泥土的微型模擬沉淀了。列奧納多的一場關(guān)于大氣效應(yīng)的討論還利用了他從阿爾卑斯山的玫瑰峰觀察到的資料：“正如我曾看到的。”

列奧納多的有些試驗(yàn)可能與他在佛羅倫薩的這幾個月有著密切關(guān)系。兩幅顯示水流的草圖標(biāo)有魯巴孔塔橋的字樣，這是舊橋下游阿勒-格拉齊橋的另一個名稱。在《大西洋抄本》的一篇文章中，列奧納多記錄道:“寫到在水下游泳，你會有一種鳥兒在空中飛翔的感覺。這里有個好地方，磨坊的水在那里流進(jìn)了亞諾河，形成了魯巴孔塔瀑布。”這些“瀑布”就是攔河壩：1472年畫有船夫和漁民的佛羅倫薩“連鎖地圖”上就顯示了攔河壩，這座大壩現(xiàn)在仍然屹立在那里。