然而，歷代皇帝所用的御璽御寶的下落卻不十分明確。秦始皇刻制的“皇帝之璽”、“皇帝信璽”、“皇帝行璽”、“天子之璽”、“天子信璽”、“天子行璽”六方玉璽的去向比較明確，直到南北朝時在南朝傳授，侯景之亂時傳到北方(一說被藏于棲霞寺)，后來隋朝統(tǒng)一，到了隋朝，又傳到唐朝，被武則天改刻為寶，并增刻“傳國寶”和“鎮(zhèn)國寶”，形成“八寶”制度。唐朝八寶在五代十國時不知去向。宋朝皇帝根據(jù)唐朝的八寶制度自刻了一套八寶，北宋亡，八寶為金朝繳獲，南宋又刻制一套。元朝滅金、南宋，御寶不知去向，一說元朝的王公大臣們將所繳獲的玉質(zhì)璽印改刻成扇墜、佩件，但終究不能確定哪些被改刻了，哪些遺失于戰(zhàn)火。南宋的君臣最后投南海而死，南宋的御璽御寶可能也隨之葬入南海，也可能為元朝所得。元朝亡，史載明朝盡獲元朝寶玉，卻不知怎樣處理元朝的御璽御寶。朱元璋建立明王朝后，曾刻制17枚御璽御寶，建文帝增刻一枚，永樂皇帝再增刻7枚，共25寶。明亡，御寶入于清。清統(tǒng)治者在入關前就以滿文刻制御寶，到乾隆繼位時，宮中有御璽御寶35枚。乾隆十一年(公元1746年)，定清朝御寶25枚，置藏于交泰殿，并編寫《交泰殿寶譜》。另外的10枚御寶置藏于盛京故宮。乾隆十三年，命改刻諸寶，為左清篆右漢篆，有“皇帝之寶”、“皇帝奉天之寶”、“大清嗣天之寶”、“大清受命之寶”未改。清朝滅亡，民國政府并未繳獲這些寶，不久又進入北洋軍閥時期，清朝的御璽御寶也下落不明，有些見于北京故宮，有些見于臺北故宮，有些見于遼寧省博物院，有些則已見于海外的拍賣市場。

皇帝所用的御璽御寶，除了上述那些象征國家權力的信用物以外，還有不少閑雜印，如“自強不息”、“太上皇帝”等就屬于此類。閑雜印也有不同的類別，表示收藏鑒賞的稱為收藏印，如“乾隆御覽”、“石渠寶笈”等；刻有某宮某閣的稱為樓臺館閣印，如“養(yǎng)心殿寶”、“文淵閣寶”等。乾隆皇帝的閑雜印最多，據(jù)《乾隆印藪》著錄，竟有1800枚之數(shù)。清朝皇帝的御印、御璽、御寶也未能完全地保存在故宮中，而有少數(shù)流落社會。

從近幾年拍賣市場來看，隨著宮廷御用器物受到收藏人群的追捧，御璽也位列其中。特別是清宮舊藏御璽除了擁有較高的藝術價值，特殊的政治地位也決定了其在目前收藏市場上的高價位。2009年秋拍，中國藝術品跨入億元時代，同時資本市場的熱錢也大量涌入藝術品市場，目前中國的藝術品市場可算是水漲船高。作為皇權的象征，皇帝御璽一直是收藏市場上的重器。2008年香港蘇富比秋季拍賣會，皇威萬代——法國吉美家族收藏乾隆御制印璽專拍一件乾隆帝御寶交龍鈕白玉璽，成交價為人民幣5577萬元。時隔兩年2010年香港蘇富比秋季拍賣會瑰辭神筆——重要私人清宮御制工藝珍藏乾隆帝御寶交龍鈕白玉璽成交價人民幣1.0617億元。玉璽拍賣也挺進了億元門庭。